Музей хранит предметы, связанные с историей подводных сил России от "потаённого судна" Ефима Никонова до современных субмарин: личные вещи, награды, документы и рукописи известных подводников, конструкторов, ученых, фотографии и редкие печатные издания, предметы быта, знаки, значки и жетоны, оружие и вооружение подводных сил России. Также в экспозиции представлено оборудование подводных лодок.